Sistem pengelolaan Prodi Pendidikan Ekonomi untuk mencapai good governance, mencakup unsur-unsur utama, diantaranya adalah:

Transparansi, yaitu tentang sejauh mana kebijakan regulasi, program dan kegiatan Prodi Pendidikan Ekonomi diketahui, dan dipahami oleh civitas akademika sehingga mereka dapat berpartisipasi secara aktif. Untuk mendukung hal tersebut Prodi Pendidikan Ekonomi telah mempunyai pedoman job description pada setiap level organisasi yang ada .

Pengorganisasian, yaitu tentang sejauh mana pimpinan Prodi Pendidikan Ekonomi  pada tiap level organisasi yang ada mampu menerapkan berbagai prinsip pengorganisasian, seperti menetapkan tata hubungan kerja, rincian tugas pokok, fungsi/wewenang serta melakukandirecting (pengarahan). Sistem pengelolaan aturan ini terdapat dalam pedoman rancangan dan analisa jabatan, yang dibuat oleh Universitas dan oleh masing-masing level organisasi di lingkungan Fakultas Ekonomi Unesa.

Partisipasi, yaitu tentang sejauh mana proses pengambilan keputusan strategis Prodi Pendidikan Ekonomi dengan melibatkan secara partisipatif stakeholders eksternal dan internal, sehingga stakeholders dapat mendukungnya secara aktif. Tata kelola pelibatan stakeholders dalam proses pemutakhiran kurikulum di Pendidikan Ekonomi Fakultas Ekonomi Unesa sudah berjalan.

Responsivitas, yaitu dukungan dari civitas akademika terhadap pengalokasian anggaran yang telah ditetapkan dalam RBA Prodi Pendidikan Ekonomi adalah merupakan hasil pembahasan bersama dan usulan dari masing-masing unit pelaksana kegiatan akademik di lingkup Prodi Pendidikan Ekonomi Fakultas Ekonomi Unesa. Evaluasi implementasi RBA Prodi Pendidikan Ekonomi dilakukan untuk melihat tingkat keterserapan dan pelaksanaan program dikoordinasikan dengan Pembantu Dekan I (PD I) dan Pembantu Dekan II (PD II). Dalam rangka mendukung Laporan Kinerja Institusional Pemerintah (Lakip) RBA Fakultas, prodi Pendidikan Ekonomi secara berkala menyampaikan Laporan Kinerja Program Studi Pendidikan Ekonomi.

Efisiensi dan Efektivitas, yaitu komitmen Kaprodi Pendidikan Ekonomi dalam melakukan sosialisasi program kepada setiap unsur civitas akademika (dosen, tenaga administrasi dan mahasiswa) dan stakeholder, sehingga terjadi pemahaman pada semua pihak. Dan pada akhirnya akan terjadi umpan balik dari civitas akademika dan stakeholder, dalam bentuk komitmen yang tinggi terhadap kebijakan, regulasi, dan program yang ditetapkan oleh pimpinan program studi.

Akuntabilitas, yaitu tentang seberapa jauh tingkat pertanggungjawaban Kaprodi Pendidikan Ekonomi dalam menjalankan tugasnya, hal ini dapat dilihat pada Laporan Tahunan Kinerja Program Studi Pendidikan Ekonomi.

Kepemimpinan, yaitu tentang sejauh mana kepemimpinan Prodi Pendidikan Ekonomi mampu menciptakan suasana kerja yang kondusif, dan mampu memotivasi civitas akademika untuk bekerja secara produktif dalam mencapai visi dan misi Prodi Pendidikan Ekonomi. Hal tersebut, diwujudkan dalam kegiatan perencanaan, pengorganisasian, penggerakan, dan pengendalian program kerja.